gcc6でRMecabのインストールはエラー

大学のサーバのGCCが6.2だったのでメモ。

RMeCabのインストール

> install.packages("RMeCab", repos = "http://rmecab.jp/R")

エラーになる。

RMeCab.cpp:89:11: error: narrowing conversion of '229' from 'int' to 'char' inside { } [-Wnarrowing]
          0}; //形容詞

GCC6だとエラーになるので、GCC5台にしないと駄目です。

因みにソースコードはinstall.packageのときにオプションを付けると消されないでローカルファイルに残ります。

> install.packages("RMeCab", repos = "http://rmecab.jp/R",keep_outputs=T)

ubuntu16.04で画面のlock解除

Ubuntu16.04のGnomeデスクトップではデフォルトで画面のLockがOnになっています。
そのため、画面を操作しないとロックされてしまい、毎回パスワードを入力する必要があります。

この画面のlockをさせない方法は以下の通り

  • Application-SystemTools-Settingsを選択
  • Privacyを選択
  • ScreenLockを選択しAutomatic Screen LockをOff

cygwin+python+mecab+PyCharmで開発環境を作る

概要

MacからWindwosに乗り換えて一番困るのが開発環境。Pycharmを使ってのpythonの開発はMac以上に面倒です。
WindowsはWindows用のコンパイルされたpythonやmecabを使うのが一般的ですが、モジュールの追加など結構面倒なので、Cygwinを使っている人も多いと思います。
今回、Cygwin上にPythonとMecabをインストールし、それをPycharmから使う環境を作成したのでメモを残します。

環境

* windows 10
* cygwin x86_64
* pycharm 2017.1

cygwinのインストール

ここからsetup-x86_64.exeをダウンロードしインストールします。特別なことは何もしません。通常にインストールします。
余裕があればapt-cygを入れておくと便利です。

pythonのインストール

cygwin上にpythonを入れておきます。自分の場合には2.7系を入れます。

teratermのインストール

cygwinのターミナルは使いにくいのでteratermを入れておきます。teratermにはcygwin用のTerminalもついているのでそちらを起動してCygwinにログインします。

mecabのインストール

Mecabのインストールはソースコードからインストールします。Mecabのバージョンは0.996を使いますがそのままではコンパイルできないので、こちらのパッチを用いてインストールします。

$ tar zxvf mecab-0.996.tar.gz
$ patch -p1 -d ./mecab-0.996/ < ./mecab-0.996.patch
$ cd ./mecab-0.996
$ ./configure --with-charset=utf-8; make; make install

nkfのインストール

nkfをソースからインストールします。
こちらからダウンロードしインストールします

$ ./configure
$ make
$ make install

ipadic

こちらからipadicをダウンロードします。ソースコードになります。これをコンパイルするのですがそのままだとどうも文字化けしてしまいます。ので、UTF-8に変換しておきます

$ tar zxvfp mecab-ipadic-2.7.0-20070801.tar.gz
$ cd mecab-ipadic-2.7.0-20070801
$ for f in *;do nkf --overwrite -w $f ;done
$ ./configure --with-charset=utf-8

環境変数

windowsの環境変数を設定します。システムの詳細設定から、システムのプロパティを開き、詳細設定タブの環境変数からpathに以下を追加しておきます。これでWindows側からもCygwinのコマンドが呼び出せます。

c:\cygwin64\bin
c:\cygwin64\usr\bin
c:\cygwin64\usr\local\bin

python-mecab

pipでインストールするとエラーになります。ソースコードからインストールします。ここからmecab-python-0.996.tar.gzをダウンロードしコンパイルします

$ tar zxvfp mecab-python-0.996.tar.gz
$ cd mecab-python-0.996
$ python setup.py build
$ python setup.py install

pycharm

ここからダウンロードしインストールします。
インストールしたのちにfileメニューのdefault settingsからproject interpreterを選択し、c:\cygwin64\bin\python2.7.exeを設定します

これでPycharmからCygwinのPythonを利用できます。

Pythonのマルチプロセスとマルチスレッド

マルチスレッドとマルチプロセス

マルチスレッドとマルチプロセスは似ているようで違います。マルチプロセス間の実行中の値は、各プロセス間で別になっていますが、マルチスレッドの場合には変数を共用するのでちょっと注意が必要です。

実行環境

  • cray xc40
  • python 2.7.13

マルチプロセス

ここを参考に

03_multi.py


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

# http://qiita.com/yubais/items/5a9d91fe03fe715b21d0

import multiprocessing as mp
import sys

L = 40000

proc=int(sys.argv[1])

# 各プロセスが実行する計算
def subcalc(queue, p):
    subtotal = 0

    # iの範囲を設定
    ini = L * p / proc
    fin = L * (p+1) / proc

    for i in range(ini, fin):
        for j in range(L):
            subtotal += i * j
    # キューにデータを送る
    queue.put(subtotal)

# キューを作成
queue = mp.Queue()

# 8個のプロセスを用意
ps=[]
for i in range(proc):
  ps.append(mp.Process(target=subcalc, args=(queue, i)))

# すべてを開始
for p in ps:
    p.start()

# キューから結果を回収
total = 0
for i in range(proc):
    total += queue.get()   # キューに値が無い場合は、値が入るまで待機になる

print(total)

36プロセス

03_multi_36.sh

実行スクリプト


#!/bin/sh
#PBS -N 03_multi_36
#PBS -j oe
#PBS -l select=1:ncpus=36
#PBS -l place=scatter
#PBS -q SINGLE


if [ "${PBS_O_WORKDIR}" != "" ];then
  cd ${PBS_O_WORKDIR}
fi
export OMP_NUM_THREADS=36

. ~/.bashrc

APRUN="aprun -n 1 -d $OMP_NUM_THREADS"

date
$APRUN python 03_multi.py 36
date

結果

2017年  6月  6日 火曜日 09:33:12 JST
639968000400000000
2017年  6月  6日 火曜日 09:33:17 JST

1プロセス

03_multi_1.sh

#!/bin/sh
#PBS -N 03_multi_1
#PBS -j oe
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -l place=scatter
#PBS -q SINGLE


if [ "${PBS_O_WORKDIR}" != "" ];then
  cd ${PBS_O_WORKDIR}
fi
export OMP_NUM_THREADS=1

. ~/.bashrc

APRUN="aprun -n 1 -d $OMP_NUM_THREADS"

date
$APRUN python 03_multi.py 1
date

結果

2017年  5月 31日 水曜日 10:44:19 JST
639968000400000000
2017年  5月 31日 水曜日 10:45:35 JST

かなり速度が違います

マルチスレッド

ここを参考

03_multi.py


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

# http://qiita.com/yubais/items/5a9d91fe03fe715b21d0
# http://kaworu.jpn.org/python/Pythonのマルチスレッドプログラミング
import threading
import sys
#http://ja.pymotw.com/2/Queue/
import Queue
L = 40000

proc=int(sys.argv[1])

# 各プロセスが実行する計算
def subcalc(queue, p):
    subtotal = 0

    # iの範囲を設定
    ini = L * p / proc
    fin = L * (p+1) / proc

    for i in range(ini, fin):
        for j in range(L):
            subtotal += i * j
    # キューにデータを送る
    queue.put(subtotal)

# キューを作成
queue = Queue.Queue()

# 8個のプロセスを用意
ps=[]
for i in range(proc):
  ps.append(threading.Thread(target=subcalc, args=(queue, i)))

# すべてを開始
for p in ps:
    p.start()
    p.join()

# キューから結果を回収
total = 0
for i in range(proc):
    total += queue.get()   # キューに値が無い場合は、値が入るまで待機になる

print(total)

36プロセス

04_thread_36.sh

実行スクリプト


#!/bin/sh
#PBS -N 04_thread_36
#PBS -j oe
#PBS -l select=1:ncpus=36
#PBS -l place=scatter
#PBS -q SINGLE


if [ "${PBS_O_WORKDIR}" != "" ];then
  cd ${PBS_O_WORKDIR}
fi
export OMP_NUM_THREADS=36

. ~/.bashrc

APRUN="aprun -n 1 -d $OMP_NUM_THREADS"

date
$APRUN python 04_thread.py 36
date

結果

2017年  6月  6日 火曜日 09:39:57 JST
639968000400000000
2017年  6月  6日 火曜日 09:41:13 JST

1プロセス

04_thread_1.sh

実行スクリプト


#!/bin/sh
#PBS -N 04_thread_1
#PBS -j oe
#PBS -l select=1:ncpus=1
#PBS -l place=scatter
#PBS -q SINGLE


if [ "${PBS_O_WORKDIR}" != "" ];then
  cd ${PBS_O_WORKDIR}
fi
export OMP_NUM_THREADS=1

. ~/.bashrc

APRUN="aprun -n 1 -d $OMP_NUM_THREADS"

date
$APRUN python 04_thread.py 1
date

結果

017年  6月  6日 火曜日 09:39:57 JST
639968000400000000
2017年  6月  6日 火曜日 09:41:13 JST

python+SQLiteでlike文

ここを参考に、

Asciiの場合


cursor.execute("SELECT * FROM posts WHERE tags LIKE ?", ('%{}%'.format(tag),))

Unicodeの場合

tagはunicode string


cursor.execute("SELECT * FROM posts WHERE tags LIKE ?", (u"%{}%".format(tag),))