2018年3月 – IT研究所

mxnetのインストールがエラーになるのでその対処方法

環境

mxnetを使用する際に，インストール方法が公式サイトにも書いているのですが，
その方法ではインストール時にエラーが出ます。使っている環境がMacだからなのかもしれませんが。。

OS:MacOS 10.13.3
R 3.4.3 brewでインストールしたもの

この環境で下記コマンドでインストール

> install.packages("mxnet", type = "el-capitan.binary")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘mxnet’ is not available (for R version 3.4.3)

> install.packages("mxnet", type = "el-capitan.binary")

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’

(as ‘lib’ is unspecified)

Warning in install.packages :

package ‘mxnet’ is not available (for R version 3.4.3)

どうやらVersionがあっていないようでインストールできないようです。
ググっていろいろなやり方を試したのですがダメ。

> cran <- getOption("repos")
> cran["dmlc"] <- "https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/"
> options(repos = cran)
> install.packages("mxnet")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
 URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz' を試しています 
Warning in install.packages :
  cannot open URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz': HTTP status was '404 Not Found'
Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
   URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz' を開けません 
Warning in install.packages :
  download of package ‘mxnet’ failed

> cran <- getOption("repos")

> cran["dmlc"] <- "https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/"

> options(repos = cran)

> install.packages("mxnet")

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’

(as ‘lib’ is unspecified)

URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz' を試しています

Warning in install.packages :

cannot open URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz': HTTP status was '404 Not Found'

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :

URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz' を開けません

Warning in install.packages :

download of package ‘mxnet’ failed

> install.packages("mxnet", type = "mac.binary")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/3.4:
   URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/3.4/PACKAGES' を開けません 
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/bin/macosx/contrib/3.4:
   URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/bin/macosx/contrib/3.4/PACKAGES' を開けません 

   package ‘mxnet’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘mxnet’ is not available (as a binary package for R version 3.4.3)

> install.packages("mxnet", type = "mac.binary")

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’

(as ‘lib’ is unspecified)

Warning in install.packages :

unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/3.4:

URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/3.4/PACKAGES' を開けません

Warning in install.packages :

unable to access index for repository https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/bin/macosx/contrib/3.4:

URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/bin/macosx/contrib/3.4/PACKAGES' を開けません

package ‘mxnet’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :

package ‘mxnet’ is not available (as a binary package for R version 3.4.3)

> install.packages("mxnet", type = "el-capitan.binary")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘mxnet’ is not available (for R version 3.4.3)

> install.packages("mxnet", type = "el-capitan.binary")

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library’

(as ‘lib’ is unspecified)

Warning in install.packages :

package ‘mxnet’ is not available (for R version 3.4.3)

対処方法

こことここの方法でようやくインストールできました。

opencv

まずOpenCVをインストール

brew install opencv

1	brew install opencv

openblas

OpenBlasも入れます

brew install openblas

1	brew install openblas

mxnet

最後にソースコードからダウンロードしてインストールします

git clone --recursive https://github.com/dmlc/mxnet
cd mxnet
cp make/osx.mk config.mk
make -j4
make rpkg

git clone --recursive https://github.com/dmlc/mxnet

cd mxnet

cp make/osx.mk config.mk

make -j4

make rpkg

確認

これでインストールが終わっています

$ R

R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin17.4.0 (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 

R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 
詳しくは 'contributors()' と入力してください。 
また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 
'citation()' と入力してください。 

'demo()' と入力すればデモをみることができます。 
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 
'q()' と入力すれば R を終了します。 

> library(mxnet)
>

$ R

R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree"

Platform: x86_64-apple-darwin17.4.0 (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。

一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。

配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。

R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。

詳しくは 'contributors()' と入力してください。

また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については

'citation()' と入力してください。

'demo()' と入力すればデモをみることができます。

'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。

'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。

'q()' と入力すれば R を終了します。

> library(mxnet)

これで使えそうです。多分。

大学のサーバでどうしてもJupyter Notebookが動かしたいのでメモ。

経緯

データをSQLiteで管理しており，これのサイズが１０Gを超え始めた。計算などは大学のサーバで行なっているのであるが，RやJupyterなどビジュアルなツールを使いたい時にはいちいちローカルのPCへSQLiteをコピーするのが大変。

以前Xサーバを使ったリモートでの起動を試したが，どうも使いづらい。
Macからだと，XQuartzをあらかじめMacにインストールしておき，
以下のSSHコマンドで接続し，

[mac] $ ssh -Y remotehost

1	[mac] $ ssh -Y remotehost

Jupyterを起動するだけ。

[server] $ jupyter notebook

1	[server] $ jupyter notebook

これで，リモートサーバでFirefoxが立ち上がり，MacのXQuartzで表示される。
しかしこれがいかんせん使いづらい。遅いし，サーバ側のFirefoxなので見た目も悪く，日本語入力も一苦労。

設定

Jupyter

まずはここを参考に設定する。

$ jupyter notebook --generate-config

1	$ jupyter notebook --generate-config

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyを編集。ポートが8080が空いている場合には以下のように指定する。

c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0'
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.port = 8080

c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0'

c.NotebookApp.open_browser = False

c.NotebookApp.port = 8080

R

Rも使いたいので，ここを参考にRを起動してインストール。

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

IRkernel::installspec()

起動

$ jupyter notebook

[I 17:43:07.065 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /tmp
[I 17:43:07.066 NotebookApp] 0 active kernels
[I 17:43:07.066 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:
[I 17:43:07.066 NotebookApp] http://0.0.0.0:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

$ jupyter notebook

[I 17:43:07.065 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /tmp

[I 17:43:07.066 NotebookApp] 0 active kernels

[I 17:43:07.066 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:

[I 17:43:07.066 NotebookApp] http://0.0.0.0:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

起動時に現れるこれから，

http://0.0.0.0:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

1	http://0.0.0.0:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

以下のようにPCのブラウザのアドレスバーに打ち込めばOK

http://server:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

1	http://server:8080/?token=37e418b82da8472bf89798f70a92dda90003f61509xxxxx

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リモートでJupyter Notebookをつかう

経緯

設定

Jupyter

R

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