H2Oパッケージを触っていてエラーが出たのでメモ
環境
- ubuntu14.04
- R-3.3.1
- h2o-2.0.1
インストール
まずここを参考にインストールします
cmake
wget https://cmake.org/files/v3.6/cmake-3.6.1.tar.gz tar zxvfp cmake-3.6.1.tar.gz cd cmake-3.6.1 ./configure make make install
h2o
wget https://github.com/h2o/h2o/archive/v2.0.1.tar.gz tar zxvfp v2.0.1.tar.gz cd h2o-2.0.1/ cmake . make make install
設定
mkdir /usr/local/etc/h2o/ cd /usr/local/etc/h2o/ openssl genrsa 2048 > cert.key openssl req -new -key cert.key > cert.csr openssl x509 -days 3650 -req -signkey cert.key < cert.csr > cert.pem touch /usr/local/etc/h2o/error-log
起動
sudo /usr/local/bin/h2o -m daemon -c /usr/local/etc/h2o/h2o.conf
サンプル
ここのサンプルを実行してみます
library("h2o")
localH2O <- h2o.init(ip = "localhost", port = 54321, startH2O = TRUE, nthreads=-1)
cfData<-h2o.importFile(localH2O,path="https://raw.githubusercontent.com/ozt-ca/tjo.hatenablog.samples/master/r_samples/public_lib/jp/conflict_sample.txt")
ここでエラー発生
Error: is.character(key) && length(key) == 1L && !is.na(key) is not TRUE
どうやら、h2oの仕様が変わったようです。こちらを参考に修正します
cfData<-h2o.importFile(path="https://raw.githubusercontent.com/ozt-ca/tjo.hatenablog.samples/master/r_samples/public_lib/jp/conflict_sample.txt")
res.err.dl<-rep(0,100)
numlist<-sample(3000,100,replace=F)
for(i in 1:100){
cf.train <- cfData[-numlist[i],]
cf.test <- cfData[numlist[i],]
res.dl <- h2o.deeplearning(x = 1:7, y = 8, data = cf.train, activation = "Tanh",hidden=rep(20,2))
pred.dl <- h2o.predict(object=res.dl,newdata=cf.test[,-8])
pred.dl.df <- as.data.frame(pred.dl)
test.dl.df <- as.data.frame(cf.test)
res.err.dl[i] <- ifelse(as.character(pred.dl.df[1,1])==as.character(test.dl.df[1,8]),0,1)
}
またまたエラー
Error in h2o.deeplearning(x = 1:7, y = 8, data = cf.train, activation = "Tanh", : unused argument (data = cf.train)
仕様をみると、また変わっていました。以下のように修正します
res.dl <- h2o.deeplearning(x = 1:7, y = 8, training_frame = cf.train, activation = "Tanh",hidden=rep(20,2))
続けます
sum(res.err.dl)
これでうまく実行できました
終了
sudo kill -TERM `cat /usr/local/etc/h2o/pid-file`
仕様がよく変わるので、メジャーバージョンアップ時は要注意です